Aby zrozumieć różnice pomiędzy inkubatorem, a klujnikiem należy zacząć od krótkiego opisu procesu inkubacji jaj.
Przykładowo inkubacja jaj bażancich trwa około 24 dni. Jest to czas od nałożenia jaja do inkubatora, aż do wyklucia się piskląt (rozdziobania skorupki jaja i wydostania się ze skorupki na zewnątrz). Pierwsze 21 dni całego procesu to okres typowej inkubacji - zawiązywania się zarodka i rozwijania pisklęcia wewnątrz jaja. Ostatnie 3 dni to okres klucia. Na 3 dni przed wykluciem pisklę wewnątrz jaja jest już praktycznie w pełni rozwinięte. W czasie tych 3 dni musi nabrać sił by wydostać się na zewnątrz skorupki i przeżyć pierwszą dobę po wykluciu.

Jak łatwo się domyślić proces inkubacji wymaga nieco innych warunków od procesu klucia. Różnica ta dotyczy korekcji wilgotności, temperatury panującej w komorze lęgowej oraz rotacji jaj. Pierwsze dwa parametry nie wymagają zmiany urządzenia, gdyż zarówno wilgotność jak i temperatura mogą być korygowane w inkubatorze. Większy problem jest z rotacją jaj i odpowiedniego przygotowania tac lęgowych. Dotyczy to szczególnie większych inkubatorów w których jaja wykłada się na tacach. W małych inkubatorach manualnych gdzie jaja są obracane ręcznie i leżą ułożone na podłodze inkubatora, takiego problemu nie ma i mogę one pełnić również rolę klujnika.
Sprawa dotyczy inkubatorów z automatycznym obracaniem jaj szczególnie, gdy tac lęgowych jest więcej i układane są piętrowo. Nie trudno wyobrazić sobie sytuację, że pisklę wykluwa się na najwyższej tacy lęgowej i po wykluciu spada z wysokości jednego metra w dół. Aby temu zapobiec jaja na trzy dni przed końcem inkubacji przekłada się do klujnika wyposażonego w kosze lęgowe, szczelnie przykryte tak by pisklę po wykluciu bezpiecznie przeczekało w koszu przez pierwszą dobę życia.

KlujnikReasumując klujnik z założenia jest prostszym urządzeniem od inkubatora, nie posiada obracania jaj. Tace lęgowe inkubatora zastąpione są koszami lęgowymi. Rozdzielenie tych dwóch urządzeń ma sens, gdy hodujemy większą ilość lub różne gatunki ptaków. Szczególnie gdy naraz w inkubatorze znajdują się jaja na różnym etapie inkubacji - kilka wkładów z różnego okresu. Generalnie należy unikać sytuacji by w jednym czasie znajdowały się w jednym inkubatorze jaja w okresie klucia i inkubacji.